Пещера Кочкари II расположена у южной окраины поселка Кочкари. Высота пещеры над уровнем реки Юрюзань не более 10 метров. Пещера обращена входом на северо-восток и невелика по площади. Пещера представляет собой коридор длиной 8,6 м, который заканчивается тремя тупиками. Ширина входа около 5,5 м, высота – немногим больше 1 м и далее вглубь снижается до 0,5 м. Пещера заложена в наклонной трещине с углом падения около 45 градусов. В конце пещеры падение пластов уменьшается до 20 градусов. Строение стен и потолка глыбовое, местами ноздреватое. Пол пещеры имеет небольшой уклон от входа в глубину. Отдельные их участки хорошо обработаны водой. Карстовой глины в пещере почти нет.
При раскопках в пещере и около нее обнаружены кости животных (шерстистого носорога, лошади, первобытного зубра, благородного оленя, северного оленя, азиатской косули, зайца и др.), а также девять каменных грузил от рыболовной сети, фрагменты керамики, в том числе орнаментированной.